Genomic epidemiology of novel coronavirus (hCoV-19) : le site Web sur l’évolution épidémiologique/génomique/phylogénétique de la souche initiale du Coronavirus hCoV-19

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Cette phylogénie montre les relations évolutives des virus HCoV-19 de la nouvelle pandémie de coronavirus COVID-19 en cours. Tous les échantillons sont toujours étroitement liés avec peu de mutations par rapport à un ancêtre commun, suggérant un ancêtre commun partagé quelque temps en novembre-décembre 2019. Cela indique une infection humaine initiale en novembre-décembre 2019 suivie d’une transmission interhumaine soutenue conduisant à infections échantillonnées.La numérotation des sites et la structure du génome utilisent Wuhan-Hu-1/2019 comme référence. La phylogénie est enracinée par rapport aux premiers échantillons de Wuhan. La résolution temporelle suppose un taux de substitution nucléotidique de 5 × 10 ^ -4 subs par site et par an. Tous les détails sur le traitement bioinformatique peuvent être trouvés ici.Le contexte phylogénétique du nCoV dans les bétacoronavirus liés au SRAS peut être vu ici.Nous remercions chaleureusement les auteurs, laboratoires d’origine et de soumission de la séquence génétique et des métadonnées mises à disposition par le biais de GISAID sur lesquelles cette recherche est basée. Une liste complète de tous les laboratoires d’origine et de soumission est disponible ci-dessous. Un tableau d’attribution est disponible en cliquant sur « Télécharger les données » en bas de la page puis en cliquant sur « Strain Metadata » dans la boîte de dialogue résultante.

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